Škubonja je u filmsku avanturu krenuo kao producent, scenarista i konačno reditelj dokumentarnih filmova.Opus započinje udarnički ,ARMIJA GRADI (1950), promoviše samoupravljanje GRAĐANI UPRAVLJAJU (1959) dok u poznim godinama se sve više okreće u avanturu namenskog filma, onim koji bi i danas možda bio aktuelan CRVENA ZASTAVA – KRAGUJEVAC (1973), MAKEDONIJA – PRIVREDNI MOZAIK (1973). Izvestan trag ostavlja i kao direktor ’Zvezda filma’.
Ipak sebe u nejugonostalgičnu kinematografiju ugrađuje kroz igrane filmlove , dva shizofreno neujednačena ali zanimljiva dela.
Pedagoška poema IZGUBLJENA OLOVKA (1960) naslanja se na makarenkovsku tradiciju velikog uspeha PIONIRA I DVOJKE, jednog od prvih međunarodnih uspeha kinematografije stešnjene između gvozdenog zida. Iako dekupaž odiše diletantizmom, neka plemenita naivnost, i otmenost Mire Nikolič gotovo da prizivaju nostalgiju, za sistem obrazovanja sa ljudskim licem ,i vreme kada je produkcija imala izvestan standard od građene scenografije, spektakularnog pejzaža pa do sovjetski inspirisane fotografije kojom dominira chiaro-scuro i radikalni rakursi. Didaktika je bila prevaziđena već u vreme kada je film snimljen.
NIZVODNO OD SUNCA (1969) nastaje u uzbudljivim i prvratničkim vremenima, i refleksan je pokušaj starog filmadžije da napravi socijalnu dramu sa ponešto strasti. Film otkriva njegov potencijal za rad sa glumcima, a podela je nepogrešiva, Burduš Janičijević, Olivera Marković, Dina Rutić, i veliki evropski mačo talenti, rano preminuli Aco Gavrić i promoter gastarbajterske špageti vestern karijere, Gidra Bojanić, poznat i kao Anthony Gidra, koji je tih đezdesetih godina pobunjenim studentima nudio da kupi tenkove od svojih deviznih honorara. Bar je tako tvrdio Živojin Pavlović.
Ali Škubonjin razbarušeni akademizam ne može da se takmiči sa cunamijem ’crnog talasa’.
Povlači se u mirne vode namenskih filmova, a poslednji snima u bližem zavičaju ĐIBENIK, JUČE, DANAS, SUTRA (1983). Njegov nestanak sa filmske scene desio se pre četvrt veka, a sasvim tiho otišao je sa životne pozornice jugoslovenski filmadžija Fedor Škubonja. Ili će to neki budući istoričari demantovati i staviti u neku drugu i manju fijoku.